Struktur organisasi SDIT Alam Biruni dirancang untuk menciptakan lingkungan belajar yang terarah, kolaboratif, dan penuh nilai. Di tingkat paling atas, Ketua Komite berperan sebagai mitra strategis sekolah dalam mendukung kebijakan dan program pendidikan. Bersama Ketua Komite, Kepala Sekolah memimpin seluruh aktivitas pembelajaran dan pembinaan karakter siswa, serta menjadi pengarah utama dalam pengembangan mutu sekolah.

Untuk mendukung tugas Kepala Sekolah, terdapat tiga wakil kepala yang membawahi bidang-bidang penting. Wakil Kepala Bidang Sarana dan Prasarana serta Hubungan Masyarakat bertanggung jawab atas kenyamanan fasilitas sekolah dan koordinasi kegiatan luar kelas. Di bawahnya, terdapat Koordinator Ekstrakurikuler yang mengatur kegiatan minat dan bakat siswa, Kepala Laboratorium yang mengelola ruang eksperimen sains, serta Kepala Perpustakaan yang menjaga pusat literasi sekolah.

Wakil Kepala Bidang Kurikulum berfokus pada peningkatan kualitas akademik dan pembinaan guru. Ia didukung oleh Koordinator OSN yang membimbing siswa berprestasi dalam kompetisi sains, Guru BK yang mendampingi perkembangan emosional dan sosial siswa, serta Guru Mapel yang menjadi pengajar utama di kelas.

Sementara itu, Wakil Kepala Bidang Kesiswaan bertugas membina karakter dan kedisiplinan siswa. Ia bekerja sama dengan Pembina OSIS dalam mendampingi kepemimpinan siswa, Wali Kelas yang menjadi pengasuh harian di kelas, dan Guru Piket yang menjaga ketertiban lingkungan sekolah.

Di sisi administrasi, Kepala Tata Usaha mengelola seluruh urusan administratif sekolah, mulai dari data siswa hingga keuangan dan surat-menyurat. Seluruh struktur ini bermuara pada siswa sebagai pusat dari kegiatan pendidikan. Dengan sinergi yang kuat antar bagian, SDIT Alam Biruni berkomitmen untuk membentuk generasi yang berilmu, berakhlak, dan siap menghadapi masa depan dengan percaya diri dan nilai-nilai Islam.